Ένα σφάλμα σε μια από τις πιο ευρέως χρησιμοποιούμενες μεθόδους στην επιγενετική, DIP-seq, μπορεί να προκαλέσει παραπλανητικά αποτελέσματα, κατέδειξαν ερευνητές στο Πανεπιστήμιο Linköping της Σουηδίας. Αυτό μπορεί να έχει μείζονα σημασία στον τομέα της έρευνας, όπου μεγάλα δεδομένα και προηγμένες μέθοδοι ανάλυσης DNA χρησιμοποιούνται για τη μελέτη τεράστιων ποσοτήτων επιγενετικών δεδομένων. Το σφάλμα μπορεί να διορθωθεί σε προηγουμένως συλλεγμένα DIP-seq δεδομένα, τα οποία μπορεί να οδηγήσουν σε νέες ανακαλύψεις από προηγούμενες μελέτες της ανθρώπινης επιγενετικής. Τα αποτελέσματα έχουν δημοσιευθεί στο περιοδικό Nature Methods.
Κατ ‘αρχήν, κάθε κύτταρο έχει την ίδια αλληλουχία DNA. Ωστόσο, διαφορετικοί τύποι κυττάρων χρησιμοποιούν πολύ διαφορετικές ομάδες γονιδίων. Αυτό σημαίνει ότι απαιτούνται επιπλέον σήματα για τον έλεγχο των γονιδίων που χρησιμοποιούνται σε κάθε μεμονωμένο τύπο κυττάρου. Ένας τύπος τέτοιου σήματος αποτελείται από χημικές ομάδες απευθείας συνδεδεμένες με την αλληλουχία ϋΝΑ. Αυτές οι χημικές τροποποιήσεις της αλληλουχίας DNA αποτελούν μέρος αυτού που ονομάζεται συνήθως επιγενετικός κώδικας . Η επιγενετική ρύθμιση των γονιδίων παίζει σημαντικό ρόλο στην κανονική ανθρώπινη ανάπτυξη, αλλά συνδέεται επίσης με πολλές ασθένειες, όπως ο καρκίνος.
Οι ερευνητές στο πανεπιστήμιο Linköping έχουν ανακαλύψει τώρα μια αδυναμία σε μία από τις πιο συχνά χρησιμοποιούμενες μεθόδους στην επιγενετική έρευνα, την αλληλούχιση ανοσοκατακρήμνισης DNA (DIP-seq). Με απλά λόγια, αυτή η μέθοδος βασίζεται στην επιλογή των τμημάτων του DNA που φέρουν ένα συγκεκριμένο επιγενετικό σήμα.
Για το σκοπό αυτό, οι ερευνητές χρησιμοποιούν διάφορα αντισώματα που αναγνωρίζουν μια συγκεκριμένη χημική δομή και δεσμεύονται σε αυτό. Τα αντισώματα στη συνέχεια ταξινομούνται και προσδιορίζονται οι αλληλουχίες του ϋΝΑ που έχουν δεσμευθεί. Η ομάδα του Nestor παρατήρησε ότι ορισμένα επιγενετικά σημάδια συνέβαιναν πάντα στον ίδιο τόπο, ακόμη και στο DNA που δεν έπρεπε να περιέχει αυτά τα επιγενετικά σημάδια καθόλου.
“Η ανακάλυψή μας υπογραμμίζει τη σημασία της πειραματικής επικύρωσης κατά τη χρήση τεχνολογιών υψηλής τεχνολογίας στην έρευνα.Χωρίς τέτοια πειραματική αυστηρότητα, τα διαδεδομένα σφάλματα μπορούν να κρύβονται με καθαρό βλέμμα, κρυμμένα από τη συνοχή τους σε μελέτες”, λέει ο Colm Nestor, Επίκουρος Καθηγητής στο Τμήμα Κλινικών και πειραματικής ιατρικής και επικεφαλής ερευνητής της μελέτης.
Αναλύοντας περισσότερα από 125 υπάρχοντα σύνολα δεδομένων, η ομάδα του Nestor αποκάλυψε ότι DIP-seq συχνά ανιχνεύθηκαν αλληλουχίες DNA που δεν είχαν επιγενετικά σημάδια. Αυτά τα ψευδώς θετικά αποτελούν το 50-90% των εντοπισμένων περιοχών του DNA και το μέγεθος του αποτελέσματος διαφέρει μεταξύ διαφορετικών συνόλων δεδομένων. “Τώρα που γνωρίζουμε αυτό το σφάλμα, είναι εξαιρετικά απλό να το αφαιρέσουμε. Να γίνει από τον πλούτο των επιγενετικών δεδομένων που είναι ήδη στον δημόσιο τομέα “, λέει ο Colm Nestor. Οι ερευνητές επισημαίνουν ότι η μεγάλη πλειοψηφία των αποτελεσμάτων από προηγούμενες μελέτες είναι σωστές. “Πρέπει να συνεχίσουμε να χρησιμοποιούμε αυτές τις μεθόδους αλλά να διορθώνουμε αυτά τα λάθη χρησιμοποιώντας κατάλληλο πειραματικό σχεδιασμό”, λέει ο Colm Nestor.
