Πανδημίες: Μια μελέτη που δημοσιεύτηκε στο Nature Communications παρουσιάζει τα πολλά υποσχόμενα αποτελέσματα του RecombinHunt, μιας νέας μεθόδου βασισμένης σε δεδομένα που αναπτύχθηκε από το Τμήμα Ηλεκτρονικής, Πληροφοριών και Βιομηχανικής του Politecnico di Milano και του Πανεπιστημίου του Μιλάνου, η οποία μπορεί να αναγνωρίσει, με υψηλή ακρίβεια και υπολογιστική απόδοση , ανασυνδυασμένα γονιδιώματα SARS-CoV-2 με ένα ή δύο σημεία διακοπής.
Ο ανασυνδυασμός, δηλαδή η σύνθεση δύο ή περισσότερων ιικών γονιδιωμάτων για να σχηματιστεί ένα νέο γονιδίωμα, είναι ένας αποτελεσματικός μοριακός μηχανισμός για την εξέλιξη και την προσαρμογή του ιού. Αξιοποιώντας το κίνητρο της πανδημίας COVID-19, έχουν προταθεί διάφορες μέθοδοι για την ανίχνευση ανασυνδυασμένων γονιδιωμάτων του ιού SARS-CoV-2. Ωστόσο, μέχρι στιγμής, κανένας δεν έχει καταφέρει να επιβεβαιώσει πιστά τις χειρωνακτικές αναλύσεις ειδικών στον τομέα. Το RecombinHunt δείχνει υψηλή ειδικότητα και ευαισθησία, είναι πιο αποτελεσματικό από όλες τις άλλες μεθόδους που έχουν ήδη αναπτυχθεί και επιβεβαιώνει πιστά τις χειροκίνητες αναλύσεις ειδικών. Η μέθοδος, που αναπτύχθηκε στο πλαίσιο του έργου PRIN PNRR 2022, SENSIBLE (Small-data Early WarNing System for Viral Patogens In PuBLic Health), προσδιορίζει επίσης ανασυνδυασμένα ιικά γονιδιώματα από την πρόσφατη επιδημία της ευλογιάς των πιθήκων με υψηλή συμφωνία με αναλύσεις που επιμελήθηκαν χειροκίνητα οι ειδικοί. Η προσέγγιση είναι ισχυρή και μπορεί να εφαρμοστεί σε κάθε επιδημικό ή πανδημικό ιό, αντιπροσωπεύοντας ένα σημαντικό εργαλείο για την καταπολέμηση μελλοντικών πανδημιών.
Ο καθηγητής Stefano Ceri σημειώνει ότι «η έρευνα ήταν δυνατή χάρη στην εξαιρετική συνεισφορά εργαστηρίων από όλον τον κόσμο, τα οποία διέθεσαν περισσότερες από 15 εκατομμύρια αλληλουχίες ιών στη διεθνή κοινότητα», σημειώνει η Δρ Anna Bernasconi, επικεφαλής του έργου SENSIBLE, «Στόχος μας είναι να δημιουργήσουμε εργαλεία προειδοποίησης για την πρόβλεψη και την καταπολέμηση νέων επιδημιών ιών και πανδημιών». «Η μελέτη δείχνει πώς η ανάπτυξη καινοτόμων και αποτελεσματικών υπολογιστικών μεθόδων μας επιτρέπει να εκτιμούμε με μεγαλύτερη ακρίβεια και αυστηρότητα την εξέλιξη των παθογόνων και τυχόν επιπτώσεις στην ανθρώπινη υγεία», προσθέτει ο καθηγητής Ματτέο Κιάρα, καθηγητής Μοριακής Βιολογίας στο Πανεπιστήμιο του Μιλάνου και συνεπικεφαλής του έργου SENSIBLE. Ο Δρ Tommaso Alfonsi, ο οποίος κέρδισε πρόσφατα διδακτορικό «cum laude» στη Μηχανική Πληροφοριών, είναι ο πρώτος συγγραφέας αυτής της μελέτης.
