Η ιδέα των Γάλλων να επιτρέψουν σε αθλητές των Ολυμπιακών Αγώνων να κολυμπήσουν στα νερά του Σηκουάνα δεν φαίνεται να αποδίδει καλά. Αυτό αποδεικνύεται από το γεγονός ότι αθλήτριες του τριάθλου από το Βέλγιο και την Ελβετία αρρώστησαν αφού κολύμπησαν εκεί την περασμένη Τετάρτη.
Η Βελγική ομάδα ανακοίνωσε την απόσυρσή της από τον αγώνα τριάθλου μεικτής σκυταλοδρομίας τη Δευτέρα, ενώ η Ελβετία αναγκάστηκε να αλλάξει τη σύνθεση της ομάδας της λόγω ασθένειας των αθλητών της την περασμένη εβδομάδα.
Η ανησυχία για το κατά πόσο τα νερά του Σηκουάνα είναι ασφαλή για κολύμπι κυριαρχεί στη διοργάνωση. Οι διοργανωτές ελέγχουν καθημερινά την ποιότητα του νερού του ποταμού που διασχίζει το Παρίσι και αποφασίζουν αν οι αγώνες μπορούν να διεξαχθούν.
Συγκεκριμένα, μετρούν τα επίπεδα E. coli και εντερόκοκκων, βακτήρια που υπάρχουν φυσικά στον ανθρώπινο οργανισμό, αλλά ορισμένα στελέχη τους είναι επικίνδυνα. Ακόμη και μια μικρή ποσότητα μολυσμένου νερού μπορεί να προκαλέσει διάρροια και άλλες ασθένειες, όπως λοιμώξεις του ουροποιητικού συστήματος ή του εντέρου.
Η ευαισθησία ενός ατόμου στο να αρρωστήσει από E. coli εξαρτάται από διάφορους παράγοντες, κυρίως την ηλικία και τη γενική υγεία του. Οι δοκιμές βοηθούν τους διοργανωτές να εκτιμήσουν τον κίνδυνο για τους αθλητές, αν και είναι δύσκολο να ποσοτικοποιηθεί.
Το Σάββατο, Ελβετοί αξιωματούχοι δήλωσαν ότι ο τριαθλητής Adrien Briffod, που αγωνίστηκε στον Σηκουάνα τρεις ημέρες νωρίτερα, αρρώστησε από στομαχική λοίμωξη. Ωστόσο, ανέφεραν ότι είναι «αδύνατο να πουν» αν αυτό συνδέεται με το κολύμπι στον Σηκουάνα, δεδομένου ότι δεν υπήρξαν άλλα κρούσματα στομαχικών προβλημάτων στις υπόλοιπες ομάδες.