Κορωνοϊός Μεταλλάξεις 7/4: Που εντοπίζονται τα νέα κρούσματα Όμικρον [πίνακες]

Ολοκληρώθηκε από το Eθνικό Δίκτυο Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2, που λειτουργεί υπό το συντονισμό του ΕΟΔΥ, η γονιδιωματική ανάλυση σε 286 δείγματα που έχουν επιλεγεί τυχαιοποιημένα ή στοχευμένα και αφορούν στην περίοδο 09 Μαρτίου 2022 έως 27 Μαρτίου 2022. Από τον έλεγχο των 286 δειγμάτων, αναγνωρίστηκαν συνολικά 279 δείγματα με στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος (Variants Of Concern – VOC), όλα Omicron (B.1.1.529) (Πίνακας 3). Εκατόν εννενήντα δύο από 279 στελέχη Omicron αφορούσαν στο στέλεχος BA.2 (69%, ενώ την προηγούμενη εβδομάδα το αντίστοιχο ποσοστό ήταν 78%). Από την έναρξη λειτουργίας του Εθνικού Δικτύου Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2 μέχρι σήμερα έχουν ελεγχθεί στην επικράτεια συνολικά 52.363 δείγματα από εγχώρια κρούσματα. Εξ αυτών, 47.393 προέρχονται από τυχαία επιλογή δειγμάτων, 4.229 από στοχευμένη λήψη ή επιλογή δειγμάτων και για 741 δείγματα δεν είναι διαθέσιμη η πληροφορία σχετικά με τον τρόπο επιλογής.

Κατά τη διάρκεια του διμήνου πριν τις 27 Μαρτίου 2022, είχαν ελεγχθεί στην επικράτεια συνολικά 4.353 δείγματα από εγχώρια κρούσματα. Εξ αυτών, 4.137 προέρχονται από τυχαία επιλογή δειγμάτων και 216 από στοχευμένη λήψη ή επιλογή. Μεταξύ των 4.137 τυχαία επιλεγμένων δειγμάτων στην επικράτεια που αφορούν το δίμηνο πριν τις 27 Μαρτίου 2022, τα δύο πιο συχνά στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος που έχουν απομονωθεί είναι το Omicron με ποσοστό 97,5%, ακολουθούμενο από το Delta με ποσοστό 2,4% (Πίνακας 4). Μεταξύ των 216 δειγμάτων που έχουν ληφθεί ή επιλεγεί στοχευμένα κατά τη διάρκεια του διμήνου πριν τις 27 Μαρτίου 2022, 87% αφορούν το στέλεχος Omicron και 13 % στο στέλεχος Delta.

Επιπλέον, έχουν απομονωθεί συνολικά 677 στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος ή υπό παρακολούθηση ή ενδιαφέροντος από δείγματα εισαγόμενων κρουσμάτων, εκ των οποίων 336 αφορούν στο Delta, 207 στο Omicron, 113 στο Alpha, 7 στο Mu, 6 στο Beta, 4 στο B.1.1.318
(Variant E484K), 1 στο Eta, 1 στο C.36, 1 στο Kappa, και 1 στο B.1.1 (Variant E484K).

Η διαχρονική εξέλιξη της σχετικής συχνότητας των αλληλουχηθέντων δειγμάτων από τυχαία δειγματοληψία ανά είδος στελεχών, μέχρι και την εβδομάδα 12 του 2022 απεικονίζεται στο Διάγραμμα 8.

Όσον αφορά στα στελέχη αυξημένου ενδιαφέροντος, η γεωγραφική κατανομή ανά Περιφερειακή Ενότητα παρουσιάζεται στον πίνακα 5.

Η χαρακτηριστική μετάλλαξη (διαγραφή νουκλεοτιδίων στη θέση 69-70 (del69-70) στο γονίδιο Spike) της παραλλαγής Omicron (B.1.1.529/BA.1) επιτρέπει τον άμεσο, προκαταρτικό χαρακτηρισμό των θετικών δειγμάτων ως πολύ πιθανά κρούσματα για Omicron, από συγκεκριμένα εργαστήρια της χώρας που εφαρμόζουν κατάλληλη μοριακή μεθοδολογία Real-Time PCR. Η αξιολόγηση του συγκεκριμένου μοριακού ευρήματος, επιτρέπει μια προκαταρκτική εκτίμηση σε πραγματικό χρόνο της επίπτωσης της Όμικρον (B.1.1.529/BA.1) στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων.

Το ποσοστό θετικών δειγμάτων SARS-CoV-2 με αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S (S-gene-dropout) στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων από 5 εργαστήρια* της χώρας για την εβδομάδα ISO 13/2022 ήταν 23%. Το υπόλοιπο ποσοστό, σύμφωνα με τα επιδημιολογικά δεδομένα της χώρας, αποτελεί ένδειξη της συνολικής συχνότητας εμφάνισης του στελέχους ΒΑ.2.

Η ακριβής εκτίμηση της επίπτωσης βέβαια, μπορεί να γίνει μόνον με την αλληλούχιση του πλήρους γονιδιώματος του ιού από αντιπροσωπευτικά θετικά δείγματα (γονιδιωματική επιτήρηση).

* 1. Εργαστήριο Κλινικής Ιολογίας Ιατρικής Σχολής Πανεπιστημίου Κρήτης
2. Εργαστήριο Υγιεινής και Επιδημιολογίας Πανεπιστημίου Θεσσαλίας
3. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, ΑΠΘ
4. Κεντρικό Εργαστήριο Δημόσιας Υγείας, ΕΟΔΥ
5. Εργαστήριο Μοριακής Διάγνωσης Λοιμογόνων Παραγόντων, Τμήμα Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Πατρών