Ολοκληρώθηκε από το Eθνικό Δίκτυο Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2, που λειτουργεί υπό το συντονισμό του ΕΟΔΥ, η γονιδιωματική ανάλυση σε 1.725 δείγματα που έχουν επιλεγεί τυχαιοποιημένα ή στοχευμένα και αφορούν στην περίοδο 23 Δεκεμβρίου 2021 έως 31 Ιανουαρίου 2022. Από τον έλεγχο των 1.725 δειγμάτων, αναδείχθηκαν συνολικά 1.589 δείγματα με στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος (Variants Of Concern – VOC).
Εκ των 1.589 δειγμάτων με στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος, τα 1.425 αφορούν στο στέλεχος Omicron και τα 164 αφορούν στο Delta (Πίνακας 3). Τέσσερα (4) εκ των 164 στελεχών Delta αφορούν στο στέλεχος ΑΥ.4.2 και τα οποία εντοπίστηκαν στις Περιφερειακές Ενότητες της Ανατολικής Αττικής (1), του Βορείου Τομέα Αθηνών (1), της Λέσβου (1) και του Πειραιώς (1). Είκοσι εννέα (29) εκ των 1.425 στελεχών Omicron αφορούν στο στέλεχος ΒΑ.2, τα οποία εντοπίστηκαν σε είκοσι ένα (21) εγχώρια κρούσματα στις Περιφερειακές Ενότητες της Άρτας (1), του Βορείου Τομέα Αθηνών (1), του Δυτικού Τομέα Αθηνών (2), του Ηρακλείου (3), του Κεντρικού Τομέα Αθηνών (8), του Λασιθίου (4), της Μήλου (1) και του Νοτίου Τομέα Αθηνών (1) και σε οκτώ (8) εισαγόμενα κρούσματα.
Από την έναρξη λειτουργίας του Εθνικού Δικτύου Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2 μέχρι σήμερα έχουν ελεγχθεί στην επικράτεια συνολικά 47.571 δείγματα από εγχώρια κρούσματα. Εξ αυτών 43.007 προέρχονται από τυχαία επιλογή δειγμάτων, 3.823 προέρχονται από στοχευμένη λήψη ή επιλογή δειγμάτων και για 741 δείγματα δεν είναι διαθέσιμος ο τρόπος επιλογής.
Κατά τη διάρκεια του διμήνου πριν τις 31 Ιανουαρίου 2022, είχαν ελεγχθεί στην επικράτεια συνολικά 8.389 δείγματα από εγχώρια κρούσματα. Εξ αυτών 8.097 προέρχονται από τυχαία επιλογή δειγμάτων και 292 προέρχονται από στοχευμένη λήψη ή επιλογή δειγμάτων. Μεταξύ των 8.097 τυχαία επιλεγμένων δειγμάτων στην επικράτεια που αφορούν το δίμηνο πριν τις 31 Ιανουαρίου 2022, τα δύο πιο συχνά στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος που έχουν απομονωθεί είναι το Delta με ποσοστό 55,92%, ακολουθούμενο από το Omicron με ποσοστό 44,07% (Πίνακας 4). Μεταξύ των 292 δειγμάτων που έχουν ληφθεί ή επιλεγεί στοχευμένα κατά τη διάρκεια του διμήνου πριν τις 31 Ιαν 2022, 69,86% αφορούν το στέλεχος Omicron και 30,14% στο στέλεχος Delta.
Επιπλέον, έχουν απομονωθεί συνολικά 634 στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος ή υπό παρακολούθηση ή ενδιαφέροντος από δείγματα εισαγόμενων κρουσμάτων, εκ των οποίων 335 στο αφορούν στο Delta, 165 στο Omicron, 113 αφορούν στο Alpha, 7 στο Mu, 6 στο Beta, 4 στο B.1.1.318 (Variant E484K), 1 στο Eta, 1 στο C.36, 1 στο Kappa και 1 στο B.1.1 (Variant E484K).
Η διαχρονική εξέλιξη της σχετικής συχνότητας των αλληλουχηθέντων δειγμάτων από τυχαία δειγματοληψία ανά είδος στελεχών μέχρι και την εβδομάδα 04 του 2022 απεικονίζεται στο Διάγραμμα 9.
Όσον αφορά στα στελέχη ενδιαφέροντος που χρήζουν άμεσης λήψης μέτρων ελέγχου επί του παρόντος στη χώρα, η γεωγραφική κατανομή ανά Περιφερειακή Ενότητα παρουσιάζεται στον πίνακα 5.
Η χαρακτηριστική μετάλλαξη (διαγραφή νουκλεοτιδίων στη θέση 69-70 (del69-70) στο γονίδιο Spike) της παραλλαγής Omicron (B.1.1.529/BA.1) επιτρέπει τον άμεσο, προκαταρτικό χαρακτηρισμό των θετικών δειγμάτων ως πολύ πιθανά κρούσματα για Omicron, από συγκεκριμένα εργαστήρια της χώρας που εφαρμόζουν κατάλληλη μοριακή μεθοδολογία Real-Time PCR. Η αξιολόγηση του συγκεκριμένου μοριακού ευρήματος, επιτρέπει μια προκαταρκτική εκτίμηση σε πραγματικό χρόνο της επίπτωσης της Όμικρον (B.1.1.529/BA.1) στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων.
Η ακριβής εκτίμηση της επίπτωσης της Όμικρον βέβαια, μπορεί να γίνει μόνον με την αλληλούχιση του πλήρους γονιδιώματος του ιού από αντιπροσωπευτικά θετικά δείγματα (γονιδιωματική επιτήρηση).
Ακολουθεί διάγραμμα (Διάγραμμα 10) της διαχρονικής εξέλιξης των εν λόγω δειγμάτων στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων που διενεργήθηκαν σε δείγματα, αντιπροσωπευτικά του μεγαλύτερου μέρους της Επικράτειας, από 20 Δεκεμβρίου 2021 έως 7 Φεβρουαρίου 2022.
