1η φάση: 18 νησιά όπου υπάρχουν νοσοκομειακές μονάδες. Εκεί ο εμβολιασμός υλοποιείται ήδη και ξεκίνησε από τις 11 Ιανουαρίου με βάση την προτεραιοποίηση της εθνικής επιτροπής. Ο εφοδιασμός πραγματοποιείται με τακτικές πτήσεις, δωρεάν.
2η φάση: 12 νησιά, που έχουν πληθυσμό άνω των 3.500 κατοίκων. Ο εμβολιασμός θα ξεκινήσει στις 28 Ιανουαρίου με τους μόνιμους κατοίκους άνω των 85 ετών. Θα συνεχιστεί σύμφωνα με τον προγραμματισμό της εθνικής επιτροπής. Και σε αυτή τη φάση, η μεταφορά γίνεται αποκλειστικά αεροπορικώς.
3η φάση: Αφορά 19 νησιά με πληθυσμό από 1.000 ως 3.500 κατοίκους. Θα ξεκινήσει από 10 Φεβρουαρίου και θα επεκταθεί ο εμβολιασμός σε περισσότερες ηλικιακές ομάδες από αυτές που προβλέπει το σύστημα εμβολιασμού για την υπόλοιπη χώρα. Η μεταφορά των εμβολίων θα γίνει με έναν συνδυασμό αεροπορικών και θαλασσίων μέσων.
4η φάση: Νησιά με πληθυσμό μικρότερο από 1.000 κατοίκους. Εμβολιασμός σε συνεργασία με το υπουργείο Εσωτερικών, ο οποίος δύναται να πραγματοποιηθεί στο σύνολο του πληθυσμού, ανεξαρτήτως ηλικίας και εφόσον κάποιος πολίτης, άνω των 18 ετών, το επιθυμεί, άνω των 18 ετών. Εναέρια μέσα των Ενόπλων Δυνάμεων θα επιστρατευτούν προκειμένου να διανεμηθούν τα εμβόλια σε αυτά τα μικρά νησιά. Η φάση αυτή θα ολοκληρωθεί ως τα τέλη Φλεβάρη.