Κορωνοϊός βάση δεδομένων: Οι ερευνητές σε όλο τον κόσμο είναι ένα βήμα πιο κοντά στην καλύτερη κατανόηση των περιπλοκών του COVID-19 χάρη σε δύο νέους ιστότοπους που αναπτύχθηκαν από ερευνητές στο Baylor College of Medicine και το Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια Σαν Ντιέγκο. Οι πόροι είναι ελεύθερα διαθέσιμοι μέσω του έργου Signaling Pathways (Baylor) και του Network Data Exchange (UCSD). Συμβάλλουν πολύ θετικά στη μελέτη της νόσου δίνοντας πληροφορίες στους ερευνητές σχετικά με τα κυτταρικά γονίδια των οποίων η έκφραση επηρεάζεται από λοίμωξη από κορωνοϊό και τοποθετούν αυτά τα σημεία δεδομένων στο πλαίσιο του σύνθετου δικτύου των μοριακών οδών σηματοδότησης ξενιστή. Η χρήση αυτού του πόρου έχει τη δυνατότητα να επιταχύνει την ανάπτυξη νέων θεραπευτικών στρατηγικών. Η μελέτη δημοσιεύεται στο περιοδικό Scientific Data.
“Το κίνητρό μας για την ανάπτυξη αυτού του πόρου είναι να συμβάλουμε στο να κάνουμε την έρευνα σχετικά με το COVID-19 πιο προσιτή στην επιστημονική κοινότητα. Όταν οι ερευνητές έχουν ανοιχτή πρόσβαση στο έργο του άλλου, οι ανακαλύψεις προχωρούν πιο αποτελεσματικά”, δήλωσε ο κύριος συγγραφέας Dr. Neil McKenna, συνεργάτης καθηγητής μοριακής και κυτταρικής βιολογίας και μέλος του Dan L Duncan Comprehensive Cancer Center στο Baylor. Εδώ και χρόνια, η επιστημονική κοινότητα δημιουργεί και αρχειοθετεί μοριακά σύνολα δεδομένων που τεκμηριώνουν πώς τα γονίδια εκφράζονται καθώς τα κύτταρα ασκούν τις φυσιολογικές τους λειτουργίες ή σε συνδυασμό με ασθένειες. Ωστόσο, συνήθως αυτές οι πληροφορίες δεν είναι εύκολα προσβάσιμες.
Το 2019, ο McKenna και οι συνάδελφοί του ανέπτυξαν το Signaling Pathways Project, μια διαδικτυακή πλατφόρμα που ενσωματώνει μοριακά σύνολα δεδομένων που δημοσιεύονται στην επιστημονική βιβλιογραφία σε συναίνεση ρυθμιστικών υπογραφών ή σε αυτό που ονομάζουν συναινετικά, τα οποία ταξινομούν τα γονίδια σύμφωνα με τους ρυθμούς διαφορικής έκφρασης. Στην τρέχουσα μελέτη, οι ερευνητές δημιούργησαν συναινετικά γονίδια που έχουν προσβληθεί από λοίμωξη με τρεις κύριους κοροναϊούς, το στεφανιαίο σύνδρομο του αναπνευστικού μέσου της Μέσης Ανατολής (MERS) και το σοβαρό οξύ αναπνευστικό σύνδρομο κορωνοϊούς 1 (SARS1) και 2 (SARS2, που προκαλεί το COVID-19).
Ο McKenna και οι συνεργάτες του παρέχουν έναν πόρο που βοηθά τους ερευνητές να αξιοποιήσουν στο έπακρο τα σύνολα δεδομένων του coronavirus. Ο πόρος προσδιορίζει τα γονίδια των οποίων η έκφραση επηρεάζεται πιο σταθερά από τη μόλυνση και ενσωματώνει αυτές τις αποκρίσεις με δεδομένα σχετικά με τις οδούς μοριακής σηματοδότησης των κυττάρων, με μια έννοια να πάρει μια καλύτερη εικόνα για το τι συμβαίνει μέσα σε ένα κύτταρο που έχει μολυνθεί από κορωνοϊό και πώς ανταποκρίνεται το κύτταρο. “Η συνεργασία με το UCSD καθιστά τις αναλύσεις μας διαθέσιμες ως διαισθητικά δίκτυα τύπου Cytoscape”, λέει ο McKenna. “Επειδή η χρήση αυτών των πόρων δεν απαιτεί εκπαίδευση στη μετα-ανάλυση, μειώνουν σημαντικά τα εμπόδια στη χρηστικότητα από ερευνητές πάγκων.”
Παροχή νέων πληροφοριών για το COVID-19
Η στρατηγική συναίνεσης, εξηγούν οι ερευνητές, μπορεί να αποκαλύψει προηγουμένως μη αναγνωρισμένους δεσμούς ή να παράσχει περαιτέρω υποστήριξη για ύποπτες συνδέσεις μεταξύ λοίμωξης από κορωνοϊό και οδών ανθρώπινης σηματοδότησης, απλοποιώντας τελικά τη δημιουργία υποθέσεων που θα δοκιμαστούν στο εργαστήριο. Για παράδειγμα, η σχέση μεταξύ εγκυμοσύνης και ευαισθησίας στο COVID-19 ήταν δύσκολο να εκτιμηθεί λόγω της έλλειψης κλινικών δεδομένων, αλλά η προσέγγιση του McKenna και των συναδέλφων του έδωσε νέες γνώσεις σε αυτό το παζλ.
“Βρήκαμε ενδείξεις ότι η σηματοδότηση υποδοχέα προγεστερόνης ανταγωνίζεται την προκαλούμενη από SARS2 φλεγμονώδη σηματοδότηση που προκαλείται από ιντερφερόνη στο επιθήλιο των αεραγωγών. Αυτό το εύρημα υποδηλώνει την υπόθεση ότι η καταστολή της απόκρισης ιντερφερόνης στη μόλυνση από SARS2 από αυξημένη κυκλοφορούσα προγεστερόνη κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης μπορεί να συμβάλει στην ασυμπτωματική κλινική πορεία” επισήμανε ο McKenna. Σύμφωνα με την υπόθεσή τους, ενώ αυτό το έγγραφο ήταν υπό εξέταση, ξεκίνησε μια κλινική δοκιμή για την αξιολόγηση της προγεστερόνης ως θεραπείας για το COVID-19 σε άνδρες.
