SARS-CoV-2 Παραλλαγές: Επιστήμονες στη Βραζιλία ανέφεραν πρόσφατα ότι δύο άτομα μολύνθηκαν ταυτόχρονα με δύο διαφορετικές παραλλαγές του SARS-CoV-2, του ιού που προκαλεί την COVID-19. Αυτή η ταυτόχρονη μόλυνση δεν είχε καμία επίδραση στη σοβαρότητα της ασθένειας των ασθενών και οι δύο ανέρρωσαν χωρίς να χρειάζεται να νοσηλευτούν. Αν και αυτή είναι μία από τις λίγες περιπτώσεις που καταγράφηκαν με τον SARS-CoV-2 – και η μελέτη δεν έχει ακόμη δημοσιευτεί σε επιστημονικό περιοδικό – οι επιστήμονες έχουν παρατηρήσει λοιμώξεις με πολλαπλά στελέχη με άλλους αναπνευστικούς ιούς, όπως η γρίπη. Αυτό έχει δημιουργήσει ερωτήματα σχετικά με το πώς αυτοί οι ιοί μπορούν να αλληλεπιδράσουν σε ένα μολυσμένο άτομο και τι θα μπορούσε να σημαίνει για τη δημιουργία νέων παραλλαγών. Οι ιοί είναι κύριοι της εξέλιξης, συνεχώς μεταλλάσσονται και δημιουργούν νέες παραλλαγές με κάθε κύκλο αναπαραγωγής. Επιλεκτικές πιέσεις στον ξενιστή, όπως η ανοσοαπόκρισή μας, οδηγούν επίσης αυτές τις προσαρμογές. Οι περισσότερες από αυτές τις μεταλλάξεις δεν θα έχουν σημαντική επίδραση στον ιό.
Όμως, αυτά που δίνουν πλεονέκτημα στον ιό – για παράδειγμα, αυξάνοντας την ικανότητά του να αντιγράφει ή να αποφεύγει το ανοσοποιητικό σύστημα – προκαλούν ανησυχία και πρέπει να παρακολουθούνται στενά. Η εμφάνιση αυτών των μεταλλάξεων εξαρτάται από τον μηχανισμό αναπαραγωγής που είναι επιρρεπής σε σφάλματα που χρησιμοποιούν οι ιοί. Οι ιοί RNA, όπως η γρίπη και η ηπατίτιδα C, δημιουργούν έναν σχετικά μεγάλο αριθμό σφαλμάτων κάθε φορά που αναπαράγονται. Αυτό δημιουργεί ένα «οιονεί είδος» του πληθυσμού των ιών, μάλλον σαν ένα σμήνος ιών, το καθένα με σχετικές αλλά μη πανομοιότυπες αλληλουχίες. Οι αλληλεπιδράσεις με τα κύτταρα ξενιστές και το ανοσοποιητικό σύστημα καθορίζουν τις σχετικές συχνότητες των μεμονωμένων παραλλαγών και αυτές οι συνυπάρχουσες παραλλαγές μπορεί να επηρεάσουν τον τρόπο εξέλιξης της νόσου ή το πόσο καλά λειτουργούν οι θεραπείες.
Σε σύγκριση με άλλους ιούς RNA, οι κορωνοϊοί έχουν χαμηλότερα ποσοστά μετάλλαξης. Αυτό συμβαίνει επειδή είναι εξοπλισμένοι με έναν μηχανισμό διόρθωσης που μπορεί να διορθώσει ορισμένα από τα σφάλματα που παρουσιάζονται κατά την αναπαραγωγή. Ωστόσο, υπάρχουν ενδείξεις ιογενούς γενετικής ποικιλομορφίας σε ασθενείς που έχουν μολυνθεί με SARS-CoV-2. Η ανίχνευση πολλαπλών παραλλαγών σε ένα άτομο θα μπορούσε να είναι το αποτέλεσμα της συν-μόλυνσης από τις διάφορες παραλλαγές, ή τη δημιουργία μεταλλάξεων στον ασθενή μετά την αρχική μόλυνση. Ένας τρόπος διάκρισης αυτών των δύο σεναρίων είναι η σύγκριση των ακολουθιών των παραλλαγών που κυκλοφορούν στον πληθυσμό με εκείνες του ασθενούς.
Στη βραζιλιάνικη μελέτη που αναφέρθηκε παραπάνω, οι παραλλαγές που εντοπίστηκαν αντιστοιχούσαν σε διαφορετικές γενεαλογίες που είχαν προηγουμένως ανιχνευτεί στον πληθυσμό, υπονοώντας ταυτόχρονη μόλυνση από τις δύο παραλλαγές. Αυτή η ταυτόχρονη μόλυνση άνοιξε ανησυχίες για τον SARS-CoV-2 να αποκτήσει νέες μεταλλάξεις ακόμη πιο γρήγορα. Αυτό συμβαίνει επειδή οι κορωνοϊοί μπορούν επίσης να υποστούν μεγάλες αλλαγές στη γενετική τους ακολουθία με μια διαδικασία που ονομάζεται ανασυνδυασμός. Όταν δύο ιοί μολύνουν το ίδιο κύτταρο, μπορούν να ανταλλάξουν μεγάλα μέρη των γονιδιωμάτων τους μεταξύ τους και να δημιουργήσουν εντελώς νέες αλληλουχίες. Αυτό είναι ένα γνωστό φαινόμενο στους ιούς RNA. Νέες παραλλαγές της γρίπης δημιουργούνται από έναν παρόμοιο μηχανισμό που ονομάζεται «επανακατάταξη». Το γονιδίωμα του ιού της γρίπης, σε αντίθεση με τον κορωνοϊό, περιλαμβάνει οκτώ τμήματα ή κλώνους του RNA. Όταν δύο ιοί μολύνουν το ίδιο κύτταρο, αυτά τα τμήματα αναμιγνύονται και ταιριάζουν για την παραγωγή ιών με έναν νέο συνδυασμό γονιδίων. Είναι ενδιαφέρον ότι οι χοίροι μπορούν να μολυνθούν με διαφορετικά στελέχη ιών της γρίπης και έχουν αναφερθεί ως «δοχεία ανάμιξης» που τα ανακατεύουν σε νέα στελέχη.
Ο πανδημικός ιός H1N1 του 2009 προέκυψε από μια επανακατάταξη ιών γρίπης των ανθρώπων, των πτηνών και των δύο χοίρων. Με κορωνοϊούς, οι οποίοι περιέχουν μόνο έναν κλώνο RNA σε κάθε σωματίδιο ιού, ο ανασυνδυασμός μπορεί να συμβεί μόνο μεταξύ κλώνων RNA που προέρχονται από έναν ή περισσότερους ιούς στο ίδιο κύτταρο. Έχουν βρεθεί στοιχεία ανασυνδυασμού τόσο στο εργαστήριο όσο και σε έναν ασθενή που έχει μολυνθεί με SARS-CoV-2, γεγονός που υποδηλώνει ότι αυτό θα μπορούσε να οδηγήσει στη δημιουργία νέων παραλλαγών. Στην πραγματικότητα, η ικανότητα του SARS-CoV-2 να μολύνει ανθρώπινα κύτταρα προτείνεται να αναπτυχθεί μέσω ανασυνδυασμού της ακίδας πρωτεΐνης μεταξύ στενά συγγενών ζωικών κορωνοϊών.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι αυτό απαιτεί από τους δύο ιούς να μολύνουν το ίδιο κύτταρο. Ακόμα κι αν ένα άτομο έχει μολυνθεί με διάφορες παραλλαγές, εάν αντιγράφεται σε διαφορετικά μέρη του σώματος, δεν θα αλληλεπιδρούν μεταξύ τους. Πράγματι, αυτό παρατηρήθηκε σε ασθενείς, όπου βρέθηκαν διαφορετικά οιονεί είδη κορωνοϊών στις άνω και κάτω αναπνευστικές οδούς, γεγονός που υποδηλώνει ότι οι ιοί σε αυτές τις περιοχές δεν αναμιγνύονται άμεσα μεταξύ τους. Τα μέχρι τώρα στοιχεία δεν υποδηλώνουν ότι η μόλυνση με περισσότερες από μία παραλλαγές οδηγεί σε πιο σοβαρή ασθένεια. Και αν και είναι δυνατόν, έχουν αναφερθεί πολύ λίγες περιπτώσεις συν-μόλυνσης. Περισσότερο από το 90% των λοιμώξεων στο Ηνωμένο Βασίλειο είναι σήμερα από το B117 – τη λεγόμενη παραλλαγή Kent. Με τόσο υψηλό επιπολασμό μιας παραλλαγής στον πληθυσμό, δεν είναι πιθανό να εμφανιστούν συνλοιμώξεις. Ωστόσο, η παρακολούθηση αυτού του τοπίου επιτρέπει στους επιστήμονες να παρακολουθούν την εμφάνιση αυτών των νέων παραλλαγών ανησυχίας και να κατανοούν και να ανταποκρίνονται σε τυχόν αλλαγές στη μετάδοσή τους ή στην αποτελεσματικότητα του εμβολίου.