Στο σύνδρομο των πολυκυστικών ωοθηκών διαταράσσεται η ισορροπία των ορμονών που ρυθμίζουν την ωορρηξία.
Φυσιολογικά, τα οιστρογόνα, η τεστοστερόνη και η ωχρινοποιητική ορμόνη (LH) αυξάνονται και ελαττώνονται ρυθμικά, και η γυναίκα οδηγείται σε έμμηνο ρύση.
Στην περίπτωση όμως των πολυκυστικών ωοθηκών, οι ορμόνες αυτές παραμένουν σε υψηλά επίπεδα.
Τα ωοθυλάκια δεν ωριμάζουν, δεν συμβαίνει ωοθυλακιορρηξία (ή συμβαίνει σπάνια) και οι ωοθήκες διογκώνονται και γεμίζουν με πολλές μικρές κύστεις.
Στα συμπτώματα των πολυκυστικών ωοθηκών περιλαμβάνονται η άτακτη, απούσα ή βαριά εμμηνορρυσία, η υπερτρίχωση προσώπου ή σώματος, η λέπτυνση των μαλλιών, οι κύστεις στις ωοθήκες, η ακμή, η αντίσταση στην ινσουλίνη, η στειρότητα και η ανεξήγητη παχυσαρκία ή αδυναμία απώλειας βάρους.
Οι γυναίκες που πάσχουν από το σύνδρομο κινδυνεύουν περισσότερο και από άλλα χρόνια και σοβαρά νοσήματα.
Διαβήτης: Ο οργανισμός κάποιων γυναικών με πολυκυστικές ωοθήκες δεν μπορεί να χρησιμοποιήσει αποτελεσματικά την ινσουλίνη με αποτέλεσμα να εμφανίζουν διαβήτη.
Καρκίνος ενδομητρίου: Τα υψηλά επίπεδα ανδρογόνων εμποδίζουν την απόπτωση του ενδομητρίου κάθε μήνα, αυξάνοντας την πιθανότητα καρκίνου του ενδομητρίου σε μικρότερη ηλικία.
Καρδιοπάθειες: Οι γυναίκες που πάσχουν από πολυκυστικές ωοθήκες, έχουν χαμηλά επίπεδα HDL (καλής) χοληστερόλης σε σύγκριση με τα επίπεδα της LDL (κακής) χοληστερόλης και των τριγλυκεριδίων. Εκτός από την τάση για υψηλή αρτηριακή πίεση, τα υψηλότερα επίπεδα χοληστερίνης προδιαθέτουν για καρδιοπάθεια ή αγγειακό εγκεφαλικό επεισόδιο.