Τα αντιβιοτικά μπορούν να διαταράξουν σοβαρά την ισορροπία των μικροβίων που ζουν στο έντερο, μειώνοντας τον αριθμό των {καλών} μικροοργανισμών με απρόβλεπτες συνέπειες για την υγεία του ανθρώπου , σύμφωνα με αμερικανική έρευνα .
Καταστέλλουν ολόκληρους πληθυσμούς ευεργετικών μικροβίων του εντέρου. Ενώ, σε ορισμένες περιπτώσεις, ο άνθρωπος μπορεί να χρειαστεί μήνες για να επανέλθει στην προηγούμενη κατάσταση ισορροπίας των μικροοργανισμών στο στομάχι του.