Επιστήμονες στο Ινστιτούτο Επιστήμης και Τεχνολογίας της Κορέας Daegu Gyeongbuk (DGIST) έχουν συντάξει μια ολοκληρωμένη νέα δημόσια βάση δεδομένων των γενετικών πληροφοριών που επιτρέπει την ανίχνευση και την ταυτοποίηση των ιών RNA χρησιμοποιώντας την αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR). Η βάση δεδομένων θα πρέπει να αποδειχθεί πολύτιμη για την καταπολέμηση πιθανών μελλοντικών επιδημιών.
Οι ιοί RNA, οι οποίοι περιέχουν ριβονουκλεϊκό οξύ ως το γενετικό υλικό τους, προκαλούν πολλές μολυσματικές νόσους, συμπεριλαμβανομένων της γρίπης, της πολιομυελίτιδας και της ιλαράς. Τα τελευταία χρόνια, νέες και θανατηφόρες νόσοι που οφείλονται σε ιούς RNA έχουν προκύψει, κυρίως το σοβαρό οξύ αναπνευστικό σύνδρομο (SARS) και η λοίμωξη αναπνευστικού της Μέσης Ανατολής (MERS), είχαν σοβαρές επιπτώσεις στην υγεία και οικονομικές επιπτώσεις.
Η επιδημία του SARS εμφανίστηκε στη νότια Κίνα το 2002. Οδήγησε 774 ανθρώπους σε 37 χώρες στο θάνατο, πριν από την τελικό του έλεγχο, ενώ το ξέσπασμα του MERS πέρυσι στην Κορέα οδήγησε σε εκτιμώμενη μείωση κατά 40% στον ξένο τουρισμό, επηρεάζοντας αρνητικά την εθνική οικονομία.
Σε αμφότερες τις περιπτώσεις, η νόσος εξαπλώθηκε γρήγορα λόγω της αργής και αναξιόπιστης διάγνωσης του υπεύθυνου ιού. Όταν συμβαίνουν τέτοια ξεσπάσματα, η ακριβής ανίχνευση του παθογόνου και η ταυτοποίηση είναι απαραίτητες, προκειμένου να κατανοηθεί και να ελεγχθεί η νόσος, ελαχιστοποιώντας έτσι τις επιπτώσεις της στη δημόσια υγεία. Η PCR, η οποία συνιστάται στην ενίσχυση ενός τμήματος του DNA για να δημιουργήσει χιλιάδες ή εκατομμύρια αντίγραφα μιας συγκεκριμένης αλληλουχίας DNA, χρησιμοποιείται ευρέως για την ταχεία και ακριβή ταυτοποίηση ιών, χάρη στο χαμηλό κόστος της, στην υψηλή ευαισθησία και ειδικότητά της.
Η PCR χρησιμοποιεί «θερμικό κύκλο», που συνεπάγεται επαναλαμβανόμενους κύκλους ψύξης και θέρμανσης της αντίδρασης για την τήξη του DNA και την ενζυμική αντιγραφή του. Οι εκκινητές (primers) περιλαμβάνουν ένα σύντομο σκέλος DNA, συνήθως με μήκος 18-22 βάσεις νουκλεοτιδίων, που χρησιμεύουν ως σημείο εκκίνησης για τη σύνθεση του DNA, με το ένζυμο DNA πολυμεράση να επιτρέπει επιλεκτική, επαναλαμβανόμενη ενίσχυση. Ωστόσο, πολύ λίγες προσπελάσιμες διαδικτυακά βάσεις δεδομένων έχουν συλλέξει υψηλής ποιότητας εκκινητές PCR για RNA. Εκείνες δε που είναι διαθέσιμες έχουν ορισμένους περιορισμούς που περιορίζουν τη χρησιμότητά τους.
Για την αντιμετώπιση αυτής της ανάγκης, μια ερευνητική ομάδα με επικεφαλής τους Min-Soo Kim (Τμήμα Μηχανικών Πληροφοριακών και Επικοινωνίας) και JaeHyung Koo (τμήμα Γνωσιακών Επιστημών) στο DGIST, έχουν συντάξει μια ολοκληρωμένη νέα βάση δεδομένων εκκινητών PCR, για να καταστεί δυνατή η ανίχνευση και ταυτοποίηση ιών RNA πιο γρήγορη και αποτελεσματική. Ανέφεραν τα αποτελέσματά τους στο περιοδικό Nucleic Acids Research .
Η νέα πηγή αναφοράς DGIST, η βάση δεδομένων MTPrimerV, περιέχει 152, 380, 247 ζεύγη εκκινητών PCR για την ανίχνευση 1818 ιών. Καλύπτει 7.144 αλληλουχίες οι οποίες κωδικοποιούν γονίδια (κωδικοποιητική αλληλουχία DNA – CDS). «Πιστεύουμε ότι η δημοσιοποίηση της MRPrimerV θα διευκολύνει τις μελέτες μεταγονιδιωματικής των ιών με στόχο την αξιολόγηση της μεταβλητότητάς τους, διευκολύνοντας την αποτελεσματική αντιμετώπιση πιθανών επιδημιών» δήλωσαν οι ερευνητές του DGIST.