Η θεωρία των ελεύθερων ριζών κυριάρχησε στην επιστήμη της γήρανσης στη δεκαετία του 1990 και στις αρχές της δεκαετίας του 2000. Αλλά στη συνέχεια αρκετές μελέτες άρχισαν να αντικρούουν τη θεωρία. Όταν τα ζώα, όπως οι σαλαμάνδρες και τα ποντίκια, είχαν σιωπηλά αντιοξειδωτικά γονίδια (τα αντιοξειδωτικά είναι ουσίες που καταστρέφουν τις ελεύθερες ρίζες), αυτό δεν είχε αντίκτυπο στη μακροζωία του ζώου. Ο Mikhail Blagosklonny, καθηγητής ογκολογίας στη Νέα Υόρκη, έδωσε το 2006 μια απάντηση στην ερώτηση. Πρότεινε ότι η αιτία της γήρανσης είναι οι πρωτεΐνες (και τα γονίδια που είναι υπεύθυνα για την παραγωγή τους), με το ρόλο τους να ειδοποιούν τα κύτταρα για το εάν υπάρχουν διαθέσιμα θρεπτικά συστατικά. Μερικές από αυτές τις πρωτεΐνες είναι ένζυμα, βοηθώντας χημικές αντιδράσεις να συμβούν στο σώμα μας.
Μεταξύ αυτών είναι το ένζυμο που ονομάζεται TOR. Όταν το ένζυμο TOR είναι ενεργό, καθοδηγεί τα κύτταρα να αναπτυχθούν. Χρειαζόμαστε αυτή την πρόωρη ζωή για την ανάπτυξη και τη σεξουαλική μας ωρίμανση. Αλλά το TOR δεν χρειάζεται σε υψηλά επίπεδα αργότερα στη ζωή. Στην πραγματικότητα, η υπερλειτουργία (υπερκινητικότητα) του ενζύμου ΤΟΡ σχετίζεται με πολλές ασθένειες, συμπεριλαμβανομένων των καρκίνων. Εάν το TOR και άλλα γονίδια ανίχνευσης θρεπτικών συστατικών είναι η ρίζα της γήρανσης, είναι κατά κάποιο τρόπο αυτά συνδεδεμένα με βλάβες ή ελεύθερες ρίζες;
Έχει αποδειχθεί ότι η υπερλειτουργία του TOR ενισχύει την κυτταρική ανάπτυξη αλλά ταυτόχρονα μειώνει τους προστατευτικούς μηχανισμούς, συμπεριλαμβανομένων των αντιοξειδωτικών. Αυτό σημαίνει ότι η βλάβη μπορεί πλέον να θεωρηθεί ως αποτέλεσμα της υπερλειτουργίας ορισμένων γονιδίων – μπορεί οι βλάβες να μην είναι η ρίζα της γήρανσης αλλά το αποτέλεσμα. Η θεωρία αυτή που βασίζεται στην υπόθεση της ανταγωνιστικής πλειοτροπίας είναι τώρα γνωστή ως θεωρία της υπερλειτουργικής γήρανσης.