Την οικονομική διαχείριση του νοσοκομείου «Ερρίκος Νιυνάν» θα ερευνήσει η Εισαγγελία Πρωτοδικών, μετά τη δημοσιοποίηση εκθέσεων, σύμφωνα με τις οποίες εμφανίζεται αύξηση δωρεάν νοσηλειών με παράλληλη μείωση των εσόδων του.
Η έκθεση για την αποδοτικότητα του νοσοκομείου, η οποία δημοσιεύθηκε στην εφημερίδα «Καθημερινή», εμφανίζει το νοσοκομείο να τετραπλασιάζει σε μία τετραετία τον αριθμό των ασθενών, οι οποίοι νοσηλεύονται δωρεάν, παρά τα πενιχρά του έσοδα. Η έκθεση με τίτλο «Διερεύνηση των όρων αποδοτικότητας του νοσοκομείου Ερρίκος Ντυνάν», που συντάχθηκε το Μάιο του 2010, επισημαίνει σειρά ειδικών συμβάσεων με Ταμεία που σχετίζονται με δικαστικούς, υπαλλήλους διοικητικών δικαστηρίων, απόστρατους αξιωματικούς της αστυνομίας και άλλες ομάδες, που νοσηλεύονται «με έκπτωση».
Εκπτώσεις προβλέπονται επίσης και για τον ΕΔΟΕΑΠ (δημοσιογράφοι), για τους οποίους έχει καθοριστεί ειδικός «τιμοκατάλογος», όπως και για τους υπαλλήλους του υπουργείου Οικονομικών αλλά και για το Σώμα Ορκωτών Λογιστών, για τους οποίους προβλέπεται έκπτωση 25% «στο τιμολόγιο των ιδιωτών».
Σύμφωνα με τα στοιχεία της εφημερίδας, ο αριθμός των «δωρεάν νοσηλευθέντων» εκτοξεύθηκε από 2,1 % του συνόλου το 2005 σε 11% (2.300 περιστατικά) το 2009.