Όμως, ενώ τα μανταρίνια και τα πορτοκάλια είναι στενά συνδεδεμένα, είναι στην πραγματικότητα δύο ξεχωριστά φρούτα με κάποιες αξιοσημείωτες διαφορές. Τα μανταρίνια και τα πορτοκάλια έχουν παρόμοιες ιδιότητες επειδή είναι μέλη της ίδιας οικογένειας. Μπορεί να μοιάζουν όμοια, αλλά στην πραγματικότητα είναι δύο διαφορετικά είδη φρούτων με ξεχωριστή προέλευση και ποικιλία.
Η κύρια διάκριση μεταξύ μανταρινιών και πορτοκαλιών είναι το μέγεθος. Τα πορτοκάλια διατίθενται σε διαφορετικά μεγέθη και ελαφρώς διαφορετικά σχήματα, ανάλογα με την ποικιλία. Ωστόσο, κατά κανόνα, τα πορτοκάλια μεγαλώνουν σε μεγαλύτερο μέγεθος από τα μανταρίνια. Μερικές φορές αναφέρονται ως «πορτοκάλια μωράν», τα μανταρίνια είναι μικρότερα, κάπως πεπλατυμένα και γενικά λιγότερο στρογγυλεμένα, καθιστώντας τα ένα τέλειο σνακ σε μέγεθος τσέπης.
Τα μανταρίνια είναι επίσης πιο μαλακά στην αφή όταν είναι ώριμα, ενώ τα πορτοκάλια είναι συνήθως σταθερά και βαριά όταν είναι ώριμα. Τόσο τα μανταρίνια όσο και τα πορτοκάλια κυμαίνονται από το να έχουν πολλούς σπόρους έως και χωρίς καθόλου σπόρους, ανάλογα με την ποικιλία. Για παράδειγμα, τα πορτοκάλια του ομφαλού είναι χωρίς σπόρους, ενώ τα πορτοκάλια της Βαλένθια έχουν σπόρους.
Τέλος, τα μανταρίνια και τα πορτοκάλια μπορεί να διαφέρουν σε χρώμα. Τα πορτοκάλια είναι συνήθως πιο κίτρινα-πορτοκαλί, εκτός από το σανγκουίνι, το οποίο έχει σκούρο κόκκινο χρώμα. Αν και το μανταρίνι έχει παρόμοιο χρώμα με τις περισσότερες ποικιλίες πορτοκαλιού, συνήθως είναι πιο κοκκινωπό-πορτοκαλί.
Οι γεύσεις των μανταρινιών και των πορτοκαλιών ποικίλλουν, αλλά εξαρτάται σε μεγάλο βαθμό από την ποικιλία κάθε φρούτου. Και τα μανταρίνια και τα πορτοκάλια μπορεί να είναι γλυκά ή ξινά. Ωστόσο, τα περισσότερα μανταρίνια είναι πιο γλυκά από τα πορτοκάλια. Τα μανταρίνια τείνουν επίσης να έχουν ισχυρότερο προφίλ γεύσης από τα πορτοκάλια και μικρότερη επίγευση. Μια εξαίρεση σε αυτό είναι το σανγκουίνι. Τα σανγκουίνια έχουν ένα ξεχωριστό προφίλ γεύσης που διαφέρει από τις περισσότερες ποικιλίες μανταρινιών και πορτοκαλιών. Τα σανγκουίνια τείνουν να έχουν μια πολύ πλούσια γεύση που δεν είναι υπερβολικά γλυκιά με μια ένδειξη γεύσης που μοιάζει με μούρο.
