Έτσι, ο Τρύφων με την ευσεβή φιλομάθεια του, κατόρθωσε όχι μόνο να διδαχθεί ο ίδιος, αλλά και να διδάσκει τις αιώνιες αλήθειες της πίστεως του. Γρήγορα η ευσεβής ψυχή του δέχθηκε τη χάρη του Αγίου Πνεύματος και ο Θεός αξίωσε τον Τρύφωνα να θαυματουργεί.
O αυτοκράτορας προσπάθησε να εκφράσει την ευγνωμοσύνη του, προσφέροντας στον Άγιο αξιώματα και χρήματα, τα οποία όμως ο Τρύφων ευγενικά αρνήθηκε. Όταν αυτοκράτορας έγινε ο Δέκιος, εξαπέλυσε άγριο διωγμό κατά των Χριστιανών. Το 250 μ.Χ. ο Άγιος, επειδή δεν λάτρευε τους θεούς της ειδωλολατρικής θρησκείας και ήταν Χριστιανός, συνελήφθη από κάποιον στρατιωτικό που ονομαζόταν Φρόντων (ή Φόρτων) και οδηγήθηκε ενώπιον των επάρχων της Ανατολής, Τιβέριου Γράγχου και Κλαυδίου Ακυλίνου στη Νίκαια της Βιθυνίας. Ο Άγιος Τρύφων ομολόγησε με θάρρος την πίστη του. Τότε υποβλήθηκε σε φρικτά βασανιστήρια. Του κατατρύπησαν με σπαθιά όλο του το σώμα, έπειτα τον έδεσαν από τα πόδια σε άλογα και τον έσυραν, σε ώρες φοβερού ψύχους, σε δύσβατες και πετρώδεις τοποθεσίες. Εκείνος προσευχόταν και έλεγε: «Κύριε, μην τους καταλογίσεις αυτή την αμαρτία». Μετά το φρικτό μαρτύριο τον ρώτησαν αν σωφρονίσθηκε και ήθελε να θυσιάσει στα είδωλα.
Ο Μάρτυρας του Χριστού απάντησε τότε στον έπαρχο Ακυλίνο: «Ανόσιε και κακών αρχηγέ, είναι δυνατόν να είσαι σωφρονισμένος, όταν είσαι μεθυσμένος από τον διάβολο; Ύστερα από αυτό τον έκλεισαν στο δεσμωτήριο με σκοπό να του δώσουν διορία, για να απαλλαγεί από την «άνοια» αυτού και να αρνηθεί την πίστη του στον Χριστό. Λίγες ημέρες μετά ο έπαρχος κάλεσε τον Άγιο και τον ρώτησε εάν το διάστημα του χρόνου και τα βασανιστήρια τον έπεισαν να θυσιάσει στους θεούς. Ο Άγιος και πάλι ομολόγησε με πνευματική ανδρεία το Όνομα του Θεού. Τον έσυραν τότε γυμνό πάνω σε σιδερένια καρφιά, κατόπιν τον μαστίγωσαν και στη συνέχεια του έκαψαν με λαμπάδες τα πλευρά. Στο τέλος, μόλις ο Μάρτυρας παρέδωσε την ψυχή του στον Θεό λέγοντας το «Κύριε Ιησού Χριστέ, δέξαι το πνεύμα μου», απέκοψαν την τίμια κεφαλή αυτού.
