Καταγόταν από την Πελοπόννησο και ήταν γιος των Μανουήλ και Μαρίας και το κοσμικό του όνομα ήταν Νικόλαος. Αφού συνδέθηκε με έναν μοναχό Αντώνιο, έγινε μοναχός στην Επίδαυρο με το όνομα Νήφων.
Μετά το θάνατο του γέροντά του, πήγε στο κάστρο της Νάρδας, όπου συνάντησε τον ενάρετο Αγιορείτη Ζαχαρία. Μαζί με τον Ζαχαρία εγκαταστάθηκαν στη Μονή της Θεοτόκου στην Αχρίδα. Όταν ο Ζαχαρίας εκλέχτηκε αρχιεπίσκοπος Αχριδών, ο Νήφων μετακόμισε στο Άγιον Όρος και χειροτονήθηκε διάκονος και ιερέας στη Μονή Διονυσίου.
Αργότερα, κλήθηκε να αναλάβει τη θέση του Μητροπολίτη Θεσσαλονίκης και, μετά τον θάνατο του Συμεών, ανέλαβε τον οικουμενικό θρόνο. Εξεδιώχθηκε δύο φορές από τον θρόνο και κατέφυγε στη Βλαχία και στη συνέχεια στο Άγιον Όρος, στη Μονή Διονυσίου. Όταν κλήθηκε για τρίτη φορά στον Οικουμενικό θρόνο, αρνήθηκε να πάει στην Κωνσταντινούπολη και πέθανε στη Μονή, αφού έζησε μια ασκητική ζωή.