Aπό τις σφαγές των Τούρκων στην ανεύρεση του ιερού σκηνώματος του Αγίου. Η Μονή του Αγίου Εφραίμ στη Νέα Μάκρη είναι ένα από τα παλαιότερα μοναστήρια. Πολλοί μοναχοί και ιερείς έμειναν εκεί και προσευχήθηκαν στον Κύριο. Στα χρόνια της τουρκοκρατίας έγιναν μεγάλες και βάρβαρες σφαγές, όπου ξεκληρίστηκε το μοναστήρι.
Το 1945 μ.Χ. η μοναχή τότε Μακαρία πήγε στα ερείπια της αρχαίας μονής του Ευαγγελισμού, άλλοτε ονομαζόμενης ως Σταυροπηγιακής, του Όρους Αμωμών, στις βορειοανατολικές υπώρειες του Πεντελικού. Από θεία παρόρμηση, διαμόρφωσε ένα κελί εκεί και άρχιζε να καθαρίζει τα ερείπια του παλαιού Ναού για να τον ανακατασκευάσει. Εκεί πολλές φορές διαλογιζόταν ότι σε εκείνα τα χώματα είχαν ζήσει κατά την πάροδο των αιώνων μοναχοί και προσευχόταν να γνωρίσει ή να της φανερωθεί κάποιος από αυτούς. Μια φωνή, αρχικά σιγανή αλλά με τον καιρό δυνατότερη στην ψυχή της, της έλεγε: «Σκάψε και θα βρεις αυτό που επιθυμείς», μέχρι τη στιγμή που της είχε φανερωθεί ένα σημείο στο προαύλιο του μοναστηριού.
Έτσι στις 3 Ιανουαρίου 1950 μ.Χ. ανέθεσε σε εργάτη το σκάψιμο του συγκεκριμένου σημείου που της υποδείκνυε η ίδια η ψυχή της. Αν και ο εργάτης ήταν αρνητικός και ήθελε να σκάψει οπουδήποτε αλλού παρά σε αυτό το σημείο, τελικά, μετά από τις εκκλήσεις και τις προσευχές, ο εργάτης πείστηκε και ξεκίνησε να σκάβει. Το σημείο είχε ένα μισογκρεμισμένο τζάκι, τοίχο και πράγματα που καταδείκνυαν ότι εκεί κάποτε υπήρχε κελί κάποιου μοναχού. Το πρώτο εύρημα, ένα κεφάλι. Μάλιστα, ο χώρος ανέδυε μια ευωδιά.
«Γονάτισα με ευλάβεια και ασπάστηκα το σκήνωμα του Αγίου και αισθάνθηκα βαθιά την έκταση του μαρτυρίου του. Η ψυχή μου γέμισε από αγαλλίαση, απέκτησα μεγάλο θησαυρό, και παίρνοντας το χώμα με προσοχή έβλεπα την αρμονία του σκηνώματός του, που, αν και τόσους αιώνες μέσα στη γη, δεν είχε αλλοιωθεί», έγραψε η ηγουμένη Μακαρία περιγράφοντας τα όσα συνταρακτικά τής συνέβησαν. Με προσοχή , η Ηγουμένη Μακαρία έβγαλε όλο το σκήνωμα και το τοποθέτησε σε μία θυρίδα που ήταν πάνω από τον τάφο. Ήταν φανερό ότι επρόκειτο για κληρικό καθώς το ράσο του είχε παραμείνει άθικτο.
Το βράδυ, διαβάζοντας τον εσπερινό, η Ηγουμένη άκουσε βήματα. Ο ήχος ερχόταν από τον τάφο, αντηχώντας έως την πόρτα της εκκλησίας. Εκεί τον πρωτοαντίκρισε. Ήταν ψηλός με μάτια μικρά στρογγυλά, με μακριά μαύρα γένια που έφταναν στο λαιμό, ντυμένος με τη μοναχική αμφίεση. Στο ένα χέρι είχε μία φλόγα και με το άλλο ευλογούσε. Ζήτησε να τον βγάλουν από αυτήν τη θυρίδα που τον είχαν. Την επόμενη κιόλας μέρα η Ηγουμένη καθάρισε τα οστά και τα τοποθέτησε σε μια θυρίδα στο Ιερό του Ναού.
Το ίδιο βράδυ ο Άγιος φανερώθηκε στον ύπνο της, την ευχαρίστησε και της φανέρωσε και το όνομά του: Εφραίμ. Το λείψανο του Αγίου Εφραίμ φυλάσσεται εκεί από τότε και καθημερινά εκατοντάδες πιστών το επισκέπτονται ζητώντας από τον Άγιο την ευλογία και τη βοήθειά του. Ο Άγιος με τη χάρη του Θεού έχει κάνει χιλιάδες θαύματα. Στον περίβολο της Μονής, και προστατευμένη από κτίσμα που κτίστηκε γύρω της, υπάρχει η μουριά πάνω στην οποία ο Άγιος Εφραίμ άφησε την τελευταία του πνοή.