Πλατφόρμα Ρομποτικής: Η αυτοματοποιημένη πλατφόρμα αλληλουχίας επόμενης γενιάς μπορεί να προβάλλει με ακρίβεια χιλιάδες δείγματα για την COVID-19. Μια πλατφόρμα ρομποτικής που σχεδιάστηκε από ερευνητές του Τορόντο για να εξετάσει χιλιάδες δείγματα COVID-19 ταυτόχρονα έχει τη δυνατότητα να φέρει επανάσταση στον τρόπο με τον οποίο τα εργαστήρια παρακολουθούν την εξάπλωση ιών και άλλων παθογόνων, σύμφωνα με νέα ευρήματα.
Η μελέτη, που δημοσιεύτηκε στο Nature Communications, διαπίστωσε ότι η επόμενης γενιάς εξαιρετικά υψηλής απόδοσης πλατφόρμα αλληλουχίας, που ονομάζεται C19-SPAR-Seq, σχεδιασμένη από ερευνητές του Ινστιτούτου Ερευνών Lunenfeld-Tanenbaum στο Ιατρικό Κέντρο Sinai Health, έχει ποσοστό ευαισθησίας μεγαλύτερο από το 95% σε θετικές περιπτώσεις κατά την έναρξη της αιχμής.”Ο προσδιορισμός των θετικών δειγμάτων γρήγορα και με ακρίβεια είναι κρίσιμος για την καταπολέμηση αυτής της πανδημίας”, δήλωσε ο Δρ Jeff Wrana, ανώτερος ερευνητής στο LTRI και καθηγητής στο Τμήμα Μοριακής Γενετικής στο Πανεπιστήμιο του Τορόντο.”Με τις νέες και δυνητικά επικίνδυνες παραλλαγές που κυκλοφορούν τώρα, αυτή είναι μια πλατφόρμα που μπορεί να επεκταθεί, είναι αυτοματοποιημένη και ικανή να αναλύει χιλιάδες δείγματα ασθενών COVID-19 με ένα μόνο όργανο.
Ο Wrana και ο συνάδελφός του ανώτερος ερευνητής του LTRI, Dr. Laurence Pelletier, σε συνεργασία με τον καθηγητή του Πανεπιστημίου του Τορόντο Dr. Ben Blencowe, πιστώνουν μια ισχυρή ομάδα ανυπόμονων εκπαιδευόμενων που ήρθαν από άλλους τομείς έρευνας για να βοηθήσουν στην ανάπτυξη και την επικύρωση της πλατφόρμας, επιτρέποντας στην ομάδα να μεταβεί από την ιδέα σε δημοσιευμένο άρθρο σε λιγότερο από 12 μήνες. “Η συνεργασία του κλινικού διαγνωστικού εργαστηρίου του Νοσοκομείου Mount Sinai ήταν το άλλο βασικό συστατικό της επιτυχίας μας”, δήλωσε ο Pelletier. “Μέχρι σήμερα, το κοινό εργαστήριο μικροβιολογίας, με επικεφαλής τον Δρ Tony Mazzulli, παρέχει πρόσβαση σε χιλιάδες δείγματα.” Στα τέλη του 2020, η ομάδα περιστράφηκε ξανά για να χρησιμοποιήσει την πλατφόρμα ρομποτικής για να εξετάσει χιλιάδες θετικά δείγματα για παραλλαγές, ακολουθώντας γρήγορα τις περιοχές δακτυλικών αποτυπωμάτων του ιικού γονιδιώματος για να αναζητήσει βασικές μεταλλάξεις.
“Ήταν απόλυτη χαρά να συνεργαστούμε με τον Δρ Jeff Wrana και την ομάδα του στο LTRI”, δήλωσε ο Δρ Mazzulli, καθηγητής μικροβιολογίας του Sinai Health and University Health Network (UHN).
“H υπόθεση του τεστ SPAR-Seq System αποτελεί τεχνολογία αιχμής και η ικανότητα της ομάδας του να ακολουθεί δείγματα COVID-19 σε πραγματικό χρόνο έχει τεράστιες δυνατότητες να επηρεάσει την κατανόησή μας για την επιδημιολογία και τη διάδοση νέων μεταλλαγμένων ιών στην επαρχία.”
Η πλατφόρμα είναι επίσης οικονομικά αποδοτική. Η μελέτη σημειώνει ότι κοστίζει περίπου 8 $ USD ανά δοκιμή, όταν εκτελείται σε χιλιάδες δείγματα ταυτόχρονα, καθώς το κόστος ανά δείγμα μειώνεται λόγω κλιμακούμενων οικονομικών. “Είναι εξαιρετικά αξιόπιστη και εύκολα προσαρμόσιμη”, δήλωσε ο Javier Hernandez, ένας νεώτερος ερευνητής στο εργαστήριο Wrana, ο οποίος ηγήθηκε της μελέτης με τους Drs. Marie-Ming Aynaud και Seda Barutcu. “Η ανακύκλωση διαρκεί περίπου 24 ώρες. Είναι πολύ απλή καθώς έχουμε σχεδόν αυτοματοποιήσει κάθε βήμα της διαδικασίας. Για μένα, ήταν πολύ συναρπαστικό το να βλέπω τη δουλειά μου να κάνει τη διαφορά.”